En 1049, cette région, qu’Ikai protégeait, devint un sanctuaire.
Entre 1161 et 1163, les guerriers vaincus lors de la bataille entre Genji et Haki y trouvèrent refuge. Les régions d’Iga et de Koga furent providentielles pour les troupes mises en échec au cours du conflit opposant les empereurs du Nord et du Sud. Beaucoup de réfugiés chinois rejoignirent ces sanctuaires. C’est à l’intérieur de ces montagnes que les écoles (Ryu) de Iga et de Koga naquirent.
D’autres apparurent par la suite, luttant souvent l’une contre l’autre. Les informations concernant le nombre de clans sont peu précises. Certains en citent 108, d’autres 75, parfois 73. Différentes écoles s’ouvrirent aux quatres coins du Japon, mais les plus anciennes sont celles d’Iga et de Koga.
Le " Tokugawa Bafuku " utilisa tout autant Iga que Koga Ryu pour mettre fin à la longue guerre civile.
- extrait du livre de Philippe BARTHELEMY : L'esprit des Ninja -
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Répartition des écoles (ryu) ou clans par région :
* MIE-KEN, région d’Iga
Iga Ryu, Hakuun Ryu, Togakure Ryu, Kumogakure Ryu, Genjitsu Ryu, Ryumon Ryu, Tenton-Happo Ryu, Goton-Juppo Ryu,
Kadono Ryu, Kukishin Ryu, Gyokko Ryu, Rikyoku Ryu, Tsuji-Ichimu Ryu, Hattori Ryu, Taki Ryu, Yoshimori Ryu, Uchikawa Ryu,
Gikan Ryu, Takino Ryu, Sawa Ryu, Gen Ryu, Momochi Ryu.
* SHIGA-KEN, région de Koga
Koga Ryu, Tarao Ryu, Otomo Ryu, Sasaki Ryu, Shinpi Ryu, Kuriya Ryu.
* NAGANO-KEN
Akutagawa Ryu, Aoki Ryu, Ito Ryu.
* YAMANASHI-KEN
Koshu Ryu, Koyo Ryu, Ninko Ryu I, Ninko Ryu II, Takeda Ryu, Matsuda Ryu, Inko Ryu.
* WAKAYAMA-KEN
Kishu Ryu, Natori Ryu, Shin-Kusunoki Ryu, Saika Ryu, Negoro Ryu.
* NARA-KEN
Yagyu Ryu, Asuka Ryu, Hidesato Ryu, Kyushu Ryu, Kusunoki Ryu, Gamo Ryu.
* KANAGAWA-KEN * OKAYAMA-KEN
Fuma Ryu, Hojo Ryu, Bizen Ryu.
* YAMAGA-KEN * GIFU-KEN
Huguro Ryu, Kaji Ryu, Mino Ryu, Hatano Ryu.
* FUKIU-KEN * NIGATA-KEN
Gen Ryu, Yoshitsune Ryu, Uesugi Ryu, Kaji Ryu.
* HIROSHIMA-KEN * AICHI-KEN * GUNMA-KEN * AOMORI-KEN
Fukushima Ryu, Akiba Ryu, Ichizen Ryu. Negishi Ryu, Nagakawa Ryu.
* FUKUSHIMA-KEN * NAGASAKI-KEN * TOCHIGI-KEN
Shirai Ryu. Nanaban Ryu. Fukushi Ryu, Matsumoto Ryu.
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